Odjeljenje za nematerijalnu kulturu
Odjeljenje čuva živu tradiciju i izraze koji predstavljaju srce kulture. Istražuje, dokumentuje i čuva nematerijalna blaga - od ritma muzike i mudrosti govornog jezika do sitnih detalja starih zanata. Kroz stručnu ekspertizu i brižljivo prikupljanje, zalaže se za njihovu zaštitu, osiguravajući da ovo kulturno nasljeđe nastavi da obogaćuje buduće generacije.
Odjeljenje za materijalnu kulturu
Odjeljenje provodi sistematska istraživanja, evidentira, predlaže i utvrđuje status pokretnih kulturnih dobara. Bavi se prikupljanjem, organizacijom, čuvanjem, stručnom i naučnom obradom muzejskog materijala dobijenog terenskim istraživanjima, iskopavanjima, kupovinom, donacijama, nasljeđivanjem, razmjenom, ostavštinom i kopiranjem.
Odjeljenje je takođe zaduženo za sistematsko organizovanje, čuvanje i zaštitu stručne i naučne dokumentacije o muzejskom materijalu i pokretnim kulturnim dobrima, kao i za objavljivanje rezultata stručnog i naučnog rada. Aktivnosti odjeljenja obuhvataju i izlaganje i tumačenje muzejskog materijala u stalnoj postavci i tematskim izložbama, s ciljem unapređenja obrazovanja i kulture.
Odjeljenje za bibliotečku i izdavačku djelatnost.
Odjeljenje za bibliotečku i izdavačku djelatnost obavlja poslove sistematske nabavke naučne i stručne literature iz muzeologije i drugih naučnih disciplina zastupljenih u Muzeju, prije svega za potrebe stručnih radnika Muzeja Republike Srpske. Takođe se stara o razmjeni literature, knjiga, kataloga i svih publikacija sa srodnim muzejskim ustanovama u zemlji i inostranstvu. U nadležnosti Odjeljenja je i zaštita starih i rijetkih knjiga koje, u skladu sa zakonom, imaju status kulturnog dobra i muzejske građe. Pored toga, Odjeljenje obavlja poslove izdavačke djelatnosti - uređivanja, dizajna i štampe muzejskih izdanja.
Odjeljenje za konzervaciju i restauraciju
Odjeljenje za konzervaciju i restauraciju bavi se očuvanjem i obnovom pokretnih kulturnih dobara i muzejske građe od različitih materijala - metala, keramike, kamena, kosti, tekstila, drveta i drugih. U Odjeljenju se vrše ispitivanja kulturnih dobara i muzejske građe: njihovog sastava, tehnika izrade, stanja predmeta i uzroka njihovog propadanja.
Odjeljenje za dokumentaciju i digitalizaciju
Odjeljenje za dokumentaciju i digitalizaciju obavlja poslove vođenja evidencije o kulturnim dobrima, dokumentacije o muzejskoj građi, te vođenje Registra kulturnih dobara Muzeja Republike Srpske kao i vođenje Centralnog registra kulturnih dobara za kulturna dobra po vrstama za koje je zakonom određena nadležnost Muzeja Republike Srpske.
Odjeljenje za obrazovno-pedagoški rad, komunikacije i odnose sa javnošću
Odjeljenje za obrazovno-pedagoški rad, komunikacije i odnose sa javnošću nadležno je za odnose s javnoščću, te za organizaciju posjeta izložbama i za sve manifestacije, radionice, seminare, predavanja i druge oblike prosvjetno-pedagoške djelatnosti.
Odjeljenje za zajedničke poslove
Odjeljenje za zajedničke poslove obavlja opšte, upravno-pravne, administrativne i kadrovske poslove za potebe Muzeja. Nadležnost Odjeljenja su finansijski, računovodstveni, materijalni, obračunski i blagajnički poslovi, te nabavke, evidencije o osnovnim sredstvima, inventaru i imovini Muzeja; poslovi tehničkog održavanja objekta, instalacija i inventara, obezbjeđenje transporta muzejske građe i drugih vrijednosti na području Republike Srpske, Bosne i Hercegovine i inostranstvu. Djelatnost odjeljenja uključuje i obavljanje poslova vezanih za promociju Muzeja i njegove djelatnosti putem medija i na tržištu ideja i usluga, marketinške poslove te prodaju muzejskih izdanja i suvenira.